I don't understand. I do not understand. Второй вариант звучит более жирно, подчёркнуто. Если всё понятно, можно ответить: «I understand». Но чтобы подчеркнуть то, что всё ясно и, вообще, не учите учёного, нужно забыть школьное правило про вспомогательный глагол do только в отрицательных и вопросительных предложениях, и сказать: «I do understand».

Американцы любят иногда вот так по слогам говорить — медленно, жирно, подчёркнуто.

I do have a car. I do play banjo. I do love you. Do I not?